Das tragische Schicksal der charismatischen Königin Maria Stuart (Saoirse Ronan) und ihre Rivalität zur englischen Königin Elisabeth I. (Margot Robbie, beide Oscar-nominiert) stehen im Zentrum von Maria Stuart, Königin von Schottland.
Maria Stuart, die bereits im Säuglingsalter zur Königin von Schottland gekrönt wurde, kehrt nach dem Tod ihres jungen Ehemannes mit 18 Jahren von Frankreich nach Schottland zurück, um rechtmäßig den Thron zu beanspruchen. Dadurch tritt sie in einen Machtkampf mit Königin Elisabeth I. ein, die bis dahin Alleinherrscherin über das englische Königreich war. Als junge, selbstbewusste Regentinnen streiten sie um die Krone, um Liebe und um Macht in einer männerdominierten Welt, wodurch sich das Schicksal ihres Landes für immer verändern wird.